PandocはMarkdownをHTMLやMS Wordに変換できるツールです。
http://pandoc.org/
http://sky-y.github.io/site-pandoc-jp/users-guide/

今回、Pandocを使って出力したHTMLファイルのリンク先のMarkdownもHTMLに変換したい場合、
リンクが.mdのままなのでリンクつながらないという問題があり、.mdのリンクを.htmlに変換する方法を調べたので投稿します。

参考
http://qiita.com/takada-at/items/187923e57071c0aa73a7
http://stackoverflow.com/questions/40993488/convert-markdown-links-to-html-with-pandoc

やりたいこと

Markdownで

[Document](./document.md)

などと書いた箇所のリンクが

<a href="./document.md">Document</a>

と変換されますが、これを

<a href="./document.html">Document</a>

という形にしたいです。

手順1. panfluteをインストール

Pythonのpanfluteというパッケージをインストールします。
http://scorreia.com/software/panflute/index.html

手順2. `.py`ファイルを作成する

こちらに書いてある通り、
下記のpyファイルを作成します。
（ファイル名は何でもいいですが、今回は「convertlink.py」とします）

convertlink.py

# coding:utf-8
import re
import panflute as pf

def action(elem, doc):
    if isinstance(elem, pf.Link):
        matches = list(re.finditer(r'(\.md)', elem.url))
        if matches:
            m = matches[-1]
            elem.url = elem.url[:m.start(1)] + '.html' + elem.url[m.end(1):]
            return elem

if __name__ == '__main__':
    pf.run_filter(action)

手順3. Pandoc実行時に引数`--filter`に、作った`.py`ファイルを指定する

こちらを参考にしました。

pandoc input.md --filter=./convertlink.py -t html5 -o output.html

結果

Markdownで

[Document](./document.md)

などと書いた箇所のリンクが

<a href="./document.html">Document</a>

に変換されていれば成功です。