ExtendScriptを使って、イラレの画像を差し替える方法を解説します。

画像は埋め込んでなくてリンクフファイルを扱います。
つまり、リンク先を置き換えるだけです。

aiファイル内のリンクファイルは activeDocument.placedItems で取得できます。

そして取得したファイルのリンクは

placedItem.file = new File("ファイルへのパス");

で置き換えることが出来ます。

例えば以下のようなコードで置き換えが可能です。

サンプルコード

// ドキュメントを取得
var doc = app.activeDocument;

// 対象のレイヤーを取得
var targetLayer;
var layers = doc.layers;
for (var i = 0; i < layers.length; i++) {
    if (layers[i].name === "<対象のレイヤー名>") {
        targetLayer = layers[i];
    }
}

// 対象のplacedItemを取得
var targetPlacedItem;
var placedItem = targetLayer.placedItem;
for (var i = 0; i < placedItem.length; i++) {
    if (textFrames[i].name === "<対象のPlacedItem名>") {
        targetPlacedItem = placedItem[i];
    }
}

targetPlacedItem.file = new File("<置き換えるファイルへのパス>");