dtreevizの実行エラーとその対策

概要

決定木, ランダムフォレストなどの可視化ライブラリであるdtreeviz使用時に以下のようなエラーを吐いた時の対策

Format: "svg:cairo" not recognized. Use one of: svg:svg:core
CalledProcessError: Command '['dot', '-Tsvg:cairo', '-o', '/var/folders/2b/2t2g25l90490jr7978fj695m0000gp/T/DTreeViz_4952.svg', '/var/folders/2b/2t2g25l90490jr7978fj695m0000gp/T/DTreeViz_4952']' returned non-zero exit status 1.

• このエラーはツリー構造一部であるHTMLテーブル作成時のフォントメトリックの問題らしい
• 参考資料
  • https://github.com/parrt/dtreeviz/pull/36/commits/24721abf135f40a1eee81ac02c8b68be86e6f3c7#diff-f952b2aa2aa1dd354e65394cdc54b630
  • https://github.com/parrt/dtreeviz/issues/33
  • https://github.com/parrt/dtreeviz/pull/36

開発環境

• OSX Mojave 10.14.4
• python 3.6.5
• dtreeviz 0.3.3

解決方法

• dtreeviz/trees.pyの修正
• trees.pyの場所は以下で確認

import dtreeviz
print(dtreeviz.__file__)

/Users/ユーザ名/.pyenv/versions/3.6.5/lib/python3.6/site-packages/dtreeviz/trees.py

• dtreeviz/trees.pyのsaveメソッドを以下のスクリプトで上書きする.

    def save(self, filename):
        """
        Save the svg of this tree visualization into filename argument.
        Mac platform can save any file type (.pdf, .png, .svg).  Other platforms
        would fail with errors. See https://github.com/parrt/dtreeviz/issues/4
        """
        path = Path(filename)
        if not path.parent.exists:
            makedirs(path.parent)
        g = graphviz.Source(self.dot, format='svg')
        dotfilename = g.save(directory=path.parent.as_posix(), filename=path.stem)
        format = path.suffix[1:]
        if not filename.endswith(".svg") and PLATFORM!='darwin':
            raise(Exception(f"{PLATFORM} can only save .svg files: {filename}"))
        cmd = ["dot", f"-T{format}", "-o", filename, dotfilename]
        stdout, stderr = run(cmd, capture_output=True, check=True, quiet=False)
        if filename.endswith(".svg"):
            # now merge in referenced SVG images to make all-in-one file
            with open(filename, encoding='UTF-8') as f:
                svg = f.read()
            svg = inline_svg_images(svg)
            with open(filename, "w", encoding='UTF-8') as f:
                f.write(svg)

確認

以下のスクリプトで実行確認

from sklearn.datasets import load_boston
from sklearn import tree
from dtreeviz.trees import dtreeviz

regr = tree.DecisionTreeRegressor(max_depth=3)
boston = load_boston()
regr.fit(boston.data, boston.target)
viz = dtreeviz(regr,
               boston.data,
               boston.target,
               target_name='price',
               feature_names=boston.feature_names)
viz.view()
#display(viz)

• viz.view()実行時以下の図が表示されたら成功

自分の環境ではjupyter上でviz.view()実行時にsvgファイルが吐き出されてエディタが起動します.
その際はdisplay(viz)を実行してみてください.

その他

エラーを吐いた場合以下のセットアップも試してみてください.

• 追加セットアップ

brew uninstall graphviz
brew reinstall pango librsvg --build-from-source
brew reinstall cairo --build-from-source
brew install graphviz --build-from-source