コメント(R2/10/6)
Hotな案件なので上に書いています．
Big Surはむり？
/System/Library/Input Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/が
/System/Library/Input Methods/JapaneseIM-xxx.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM-xxx.appex/に変更
JapaneseIM-xxxはJapaneseIM-KanaTypingとJapaneseIM-RomajiTypingの2つ．
そしてその中に，そもそもKeySetting_Default.plistがない．
あったわ
/System/Library/PrivateFrameworks/CoreJapaneseEngine.framework/Versions/A/Resources/KeySetting_Default.plist
ただ，これを変更して，目的を達成できるかはわかりません．今後検証します．
新しい認証を無効にした状態でマウントし，変更を加えたら新しいスナップショットを作成する．再起動すると新しいスナップショットから起動され，変更が反映されるが，その時認証が無効になっているとのこと．再度認証を有効にすることはできるのでしょうか？
あと，私の乏しい知識では「新しいスナップショットを作成してそれから起動」がいまいちよくわかっていません．これまでの環境は古いスナップショットとということ？どこかにゴミとして残ったままになるということ？
↓ほんぺ
Catalinaでの方法
システム環境設定で「Windows風のキー操作」を有効にしている場合は，KeySetting_Default.plistをKeySetting_Windows.plistに読み替えてください．
SIPを外す
⌘Rを押しながら起動して、ユーティリティからターミナルを起動して、SIPを外します。
$ csrutil disable
$ reboot
再マウント
再度ログインして、
まずシステムをいじれるようにボリュームをマウントします．
参考 stackexchenge
% sudo mount -uw /
編集
一応バックアップします．
$ cd /System/Library/Input\ Methods/JapaneseIM.app/Contents/PlugIns/JapaneseIM.appex/Contents/Resources/
$ tar czf ~/JapaneseIM_KeySetting.tar.gz KeySetting_*.plist
画像のように編集します．
$ sudo nano KeySetting_Default.plist
編集前の状態なら、Shift+スペースで半角スペースが打てます。
(画像はSierra)
<string>contextual_space</string>などと書かれているので，その1行を消して3行書いてください．
<string>direct_input</string>
<key>character</key>
<string> </string>
打ち終わったら⌃xを押してyを押してEnterで保存できます。
後始末
保存したら、
$ sudo killall -HUP JapaneseIM
を実行することで、もう半角スペースが打てるようになります(Shift+スペースで全角が打てます)。
ちゃんとSIPは戻しておきましょう。
一度電源を消します．⌘Rを押しながら起動して、ユーティリティからターミナルを起動して、
$ csrutil enable
$ reboot
Mojave, High Sierraでの方法
基本的にはCatalinaでの方法と同じです．
ただ，「システムをいじれるようにマウントする」部分が必要ありません．
Sierraでのやり方
SierraはKeySetting_Default.plistには最初から
<string>direct_input</string>
<key>character</key>
<string> </string>
のように書かれているので，スペースを直接書き換えるだけで大丈夫です．(上の画像)
それ以外はMojave, High Sierraと同じです．「システムをいじれるようにマウントする」部分も必要ありません．
El Capitanでの方法
KeySetting_Default.plistは
/System/Library/Input Methods/JapaneseIM.app/Contents/Resourcesにありますので，Sierraと同じように変更してください．