RでkableのMarkdown出力をConfluence Wiki記法に変換する #R

はじめに

Rで分析・集計したdata.frameをknitr::kableでmarkdownに出力して、Confluence WikiにがんがんMarkdownテーブル貼りたい！…にもかかわらず、Markdownテーブルはなぜかマークアップ挿入でも出力されないorz

Using markdown tables のAtlassianのコミュニティでも同じ問題は上がっていますが、他のタスクもあって取りかかれていない様子（2019/1/22時点）。また、MySQLでDUMPしたテーブル定義をConfluence Wiki記法やMarkdown記法にするワンライナーでも同様に、sed等で出力結果を整形することを行っています。

今回は、Rではおなじみのknitr::kableを使って、無理やりにでもConfluence Wiki記法の表に変換することを行います

やってみる

準備として、mtcarsのデータを適当に用意する

> dt <- mtcars[1:5, 1:6]
> dt
                   mpg cyl disp  hp drat    wt
Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620
Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875
Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320
Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215
Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440

これをknitr::kableで出力すると、

> knitr::kable(dt)
|                  |  mpg| cyl| disp|  hp| drat|    wt|
|:-----------------|----:|---:|----:|---:|----:|-----:|
|Mazda RX4         | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.620|
|Mazda RX4 Wag     | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.875|
|Datsun 710        | 22.8|   4|  108|  93| 3.85| 2.320|
|Hornet 4 Drive    | 21.4|   6|  258| 110| 3.08| 3.215|
|Hornet Sportabout | 18.7|   8|  360| 175| 3.15| 3.440|

knitr::kableの型やattributesをみてみる

> kb <- knitr::kable(dt)
> str(kb)
 'knitr_kable' chr [1:7] "|                  |  mpg| cyl| disp|  hp| drat|    wt|" ...
 - attr(*, "format")= chr "markdown"
> attributes(kb)
$format
[1] "markdown"

$class
[1] "knitr_kable"

これで事前調査は完了。続いて、変換する関数をつくる

tableToConfluence <- function(kb){
  kb[1] <- gsub("\\|","||", kb[1])
  kb <- kb[c(-2)]
  attr(kb, "format") <- "markdown"
  attr(kb, "class") <- "knitr_kable"
  return(kb)
}

この関数をはさむと、シンプルなConfluence Wiki記法に変換されます

> tableToConfluence(knitr::kable(dt))
||                  ||  mpg|| cyl|| disp||  hp|| drat||    wt||
|Mazda RX4         | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.620|
|Mazda RX4 Wag     | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.875|
|Datsun 710        | 22.8|   4|  108|  93| 3.85| 2.320|
|Hornet 4 Drive    | 21.4|   6|  258| 110| 3.08| 3.215|
|Hornet Sportabout | 18.7|   8|  360| 175| 3.15| 3.440|

何をやってるかというと、gsubで先頭の見出し行を整形、2行目を削除、あとはattrでattribute情報をあとから追加してるだけです。

Confluenceのマークアップ挿入から、ペーストして無事にできました！

おわりに

Markdown Tableをペーストできる公式機能が待ち遠しいですね