tl;dr

docker: Error response from daemon: failed to create task for container: failed to create shim task: ttrpc: cannot marshal unknown type: *task.CreateTaskRequest: unknown.
ERRO[0005] error waiting for container:

デフォルトでLinuxにインストールされる（ディストリビュージョンrepoの）Dockerを使ってはいけない。Docker公式のrepoのものを手動インストールすべき。

経緯

Dockerでウェブページを動かしていたサーバーがぶっ壊れて、/homeと/srv以外をすべて再インストールした後、Dockerアプリが立ち上がらなくなった。

以下環境。

OS: Linux Fedora 39
マシン：デスクトップ実機PC（仮想化等なし）

症状

$ sudo docker run hello-world
Unable to find image 'hello-world:latest' locally
latest: Pulling from library/hello-world
719385e32844: Pull complete 
Digest: sha256:4f53e2564790c8e7856ec08e384732aa38dc43c52f02952483e3f003afbf23db
Status: Downloaded newer image for hello-world:latest
docker: Error response from daemon: failed to create task for container: failed to create shim task: ttrpc: cannot marshal unknown type: *task.CreateTaskRequest: unknown.
ERRO[0005] error waiting for container:

重症

いろいろなサイトで、/var/lib/dockerを削除してみろとか、パーミッションを変えてみろとか言われるも、ことごとく変化なし。

原因解明

どうやら、ディストリビュージョン公式repoのものを使ってはいけないらしい。

$ docker info
Client:
 Version:    24.0.5
 Context:    default
 Debug Mode: false

Server:
 Containers: 1
  Running: 0
  Paused: 0
  Stopped: 1
 Images: 1
 Server Version: 24.0.5
 Storage Driver: overlay2
  Backing Filesystem: extfs
  Supports d_type: true
  Using metacopy: false
  Native Overlay Diff: true
  userxattr: false
 Logging Driver: journald
 Cgroup Driver: systemd
 Cgroup Version: 2
 Plugins:
  Volume: local
  Network: bridge host ipvlan macvlan null overlay
  Log: awslogs fluentd gcplogs gelf journald json-file local logentries splunk syslog
 Swarm: inactive
 Runtimes: runc io.containerd.runc.v2
 Default Runtime: runc
 Init Binary: /usr/libexec/docker/docker-init
 containerd version: 
 runc version: 
 init version: 
 Security Options:
  seccomp
   Profile: builtin
  selinux
  cgroupns
 Kernel Version: 6.5.5-300.fc39.x86_64
 Operating System: Fedora Linux 39 (Workstation Edition Prerelease)
 OSType: linux
 Architecture: x86_64
 CPUs: 8
 Total Memory: 31.03GiB
 Name: fedora
 ID: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
 Docker Root Dir: /var/lib/docker
 Debug Mode: false
 Experimental: false
 Insecure Registries:
  127.0.0.0/8
 Live Restore Enabled: true

このため、Docker公式verを再インストールする。

再インストール方法

まずDocker関連を消す。

$ sudo dnf remove docker \
                  docker-client \
                  docker-client-latest \
                  docker-common \
                  docker-latest \
                  docker-latest-logrotate \
                  docker-logrotate \
                  docker-selinux \
                  docker-engine-selinux \
                  docker-engine
一致した引数がありません: docker-client
一致した引数がありません: docker-client-latest
一致した引数がありません: docker-common
一致した引数がありません: docker-latest-logrotate
一致した引数がありません: docker-logrotate
一致した引数がありません: docker-engine-selinux
一致した引数がありません: docker-engine
依存関係が解決しました。
================================================================================
 パッケージ           Arch      バージョン            リポジトリー        サイズ
================================================================================
削除中:
 container-selinux    noarch    2:2.222.0-1.fc39      @updates-testing     67 k
 moby-engine          x86_64    24.0.5-1.fc39         @fedora             108 M
未使用の依存関係の削除:
 containerd           x86_64    1.6.23-1.fc39         @fedora             137 M

トランザクションの概要
================================================================================
削除  3 パッケージ

解放された容量: 245 M
これでよろしいですか? [y/N]: y

そして、関連してpodmanとbuildahが残っているとコンフリクトを起こすようなので、これも泣く泣く消す。（解決法があるのでしょうか？）

$ sudo dnf remove podman buildah
一致した引数がありません: buildah
依存関係が解決しました。
================================================================================
 パッケージ                    Arch    バージョン       リポジトリー      サイズ
================================================================================
削除中:
 podman                        x86_64  5:4.7.0-1.fc39   @updates-testing   48 M
依存関係パッケージの削除:
 toolbox                       x86_64  0.0.99.4-3.fc39  @fedora           7.3 M
未使用の依存関係の削除:
 aardvark-dns                  x86_64  1.8.0-1.fc39     @updates-testing  2.3 M
 catatonit                     x86_64  0.1.7-18.fc39    @fedora           1.1 M
 conmon                        x86_64  2:2.1.8-2.fc39   @updates-testing  325 k
 containers-common             noarch  4:1-95.fc39      @fedora           120 k
 containers-common-extra       noarch  4:1-95.fc39      @fedora             0  
 criu                          x86_64  3.18-3.fc39      @fedora           1.5 M
 criu-libs                     x86_64  3.18-3.fc39      @fedora            85 k
 crun                          x86_64  1.9.2-1.fc39     @updates-testing  484 k
 fuse-overlayfs                x86_64  1.12-2.fc39      @fedora           131 k
 gvisor-tap-vsock              x86_64  6:0.7.0-6.fc39   @fedora            12 M
 gvisor-tap-vsock-gvforwarder  x86_64  6:0.7.0-6.fc39   @fedora           5.7 M
 libbsd                        x86_64  0.11.7-5.fc39    @fedora           374 k
 libmd                         x86_64  1.1.0-2.fc39     @fedora           107 k
 libnet                        x86_64  1.2-9.fc39       @fedora           124 k
 netavark                      x86_64  1.8.0-2.fc39     @updates-testing  9.8 M
 qemu-user-static              x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing   45 k
 qemu-user-static-aarch64      x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing   12 M
 qemu-user-static-alpha        x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.3 M
 qemu-user-static-arm          x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  8.7 M
 qemu-user-static-cris         x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.3 M
 qemu-user-static-hexagon      x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  5.5 M
 qemu-user-static-hppa         x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.4 M
 qemu-user-static-loongarch64  x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.6 M
 qemu-user-static-m68k         x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.6 M
 qemu-user-static-microblaze   x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  6.7 M
 qemu-user-static-mips         x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing   26 M
 qemu-user-static-nios2        x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.3 M
 qemu-user-static-or1k         x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.3 M
 qemu-user-static-ppc          x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing   13 M
 qemu-user-static-riscv        x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  8.8 M
 qemu-user-static-s390x        x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  3.7 M
 qemu-user-static-sh4          x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  6.7 M
 qemu-user-static-sparc        x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing   10 M
 qemu-user-static-x86          x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing  7.9 M
 qemu-user-static-xtensa       x86_64  2:8.1.1-1.fc39   @updates-testing   13 M
 runc                          x86_64  2:1.1.8-1.fc39   @fedora            10 M
 shadow-utils-subid            x86_64  2:4.14.0-1.fc39  @fedora            58 k
 slirp4netns                   x86_64  1.2.1-1.fc39     @fedora            93 k

トランザクションの概要
================================================================================
削除  40 パッケージ

解放された容量: 246 M
これでよろしいですか? [y/N]: y

そして再インストール。

ここの指示に従う。

で、今回使っているFedora 39はまだベータ版であり、まだDockerのリリースが出ていなかったので、

のcontainerd.ioと、

のdocker-ce, docker-ce-cli, docker-compose, docker-ce-rootlessをインストールすれば良い。

まず、マニュアルどおりでいけるものを入れる。

$ sudo dnf config-manager \
    --add-repo \
    https://download.docker.com/linux/fedora/docker-ce.repo
repo の追加: https://download.docker.com/linux/fedora/docker-ce.repo

$ sudo dnf install containerd.io
依存関係が解決しました。
=========================================================================================================================================
 パッケージ                         アーキテクチャー        バージョン                           リポジトリー                      サイズ
=========================================================================================================================================
インストール:
 containerd.io                      x86_64                  1.6.24-3.1.fc39                      docker-ce-stable                   33 M
依存関係のインストール:
 container-selinux                  noarch                  2:2.222.0-1.fc39                     updates-testing                    55 k

トランザクションの概要
=========================================================================================================================================
インストール  2 パッケージ

ダウンロードサイズの合計: 33 M
インストール後のサイズ: 115 M
これでよろしいですか? [y/N]: y

そして、手動で残りのものを

からダウンロードして、インストールする。

$ sudo dnf install '/home/xxxx/ダウンロード/docker-ce-rootless-extras-24.0.6-1.fc38.x86_64.rpm' '/home/xxxx/ダウンロード/docker-compose-plugin-2.21.0-1.fc38.x86_64.rpm' '/home/xxxx/ダウンロード/docker-ce-cli-24.0.6-1.fc38.x86_64.rpm' '/home/xxxx/ダウンロード/docker-ce-24.0.6-1.fc38.x86_64.rpm' 
依存関係が解決しました。
=========================================================================================================================================
 パッケージ                                 アーキテクチャー        バージョン                       リポジトリー                  サイズ
=========================================================================================================================================
インストール:
 docker-ce                                  x86_64                  3:24.0.6-1.fc38                  @commandline                   24 M
 docker-ce-cli                              x86_64                  1:24.0.6-1.fc38                  @commandline                  7.1 M
 docker-ce-rootless-extras                  x86_64                  24.0.6-1.fc38                    @commandline                  3.9 M
 docker-compose-plugin                      x86_64                  2.21.0-1.fc38                    @commandline                   13 M
依存関係のインストール: container-selinux                  noarch                  2:2.222.0-1.fc39                     updates-testing                    55 k

 fuse-overlayfs                             x86_64                  1.12-2.fc39                      fedora                         67 k
 libcgroup                                  x86_64                  3.0-3.fc39                       fedora                         74 k
 slirp4netns                                x86_64                  1.2.1-1.fc39                     fedora                         47 k

トランザクションの概要
=========================================================================================================================================
インストール  7 パッケージ

合計サイズ: 48 M
ダウンロードサイズの合計: 189 k
インストール後のサイズ: 194 M
これでよろしいですか? [y/N]: y

完了

これで正常に動作した。

$ docker info
Client: Docker Engine - Community
 Version:    24.0.6
 Context:    default
 Debug Mode: false
 Plugins:
  compose: Docker Compose (Docker Inc.)
    Version:  v2.21.0
    Path:     /usr/libexec/docker/cli-plugins/docker-compose

Server:
 Containers: 6
  Running: 3
  Paused: 0
  Stopped: 3
 Images: 11
 Server Version: 24.0.6
 Storage Driver: overlay2
  Backing Filesystem: extfs
  Supports d_type: true
  Using metacopy: false
  Native Overlay Diff: true
  userxattr: false
 Logging Driver: json-file
 Cgroup Driver: systemd
 Cgroup Version: 2
 Plugins:
  Volume: local
  Network: bridge host ipvlan macvlan null overlay
  Log: awslogs fluentd gcplogs gelf journald json-file local logentries splunk syslog
 Swarm: inactive
 Runtimes: io.containerd.runc.v2 runc
 Default Runtime: runc
 Init Binary: docker-init
 containerd version: 61f9fd88f79f081d64d6fa3bb1a0dc71ec870523
 runc version: v1.1.9-0-gccaecfc
 init version: de40ad0
 Security Options:
  seccomp
   Profile: builtin
  cgroupns
 Kernel Version: 6.5.5-300.fc39.x86_64
 Operating System: Fedora Linux 39 (Workstation Edition Prerelease)
 OSType: linux
 Architecture: x86_64
 CPUs: 8
 Total Memory: 31.03GiB
 Name: fedora
 ID: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
 Docker Root Dir: /var/lib/docker
 Debug Mode: false
 Experimental: false
 Insecure Registries:
  127.0.0.0/8
 Live Restore Enabled: false

きちんと動く。

$ sudo docker run hello-world

Hello from Docker!
This message shows that your installation appears to be working correctly.

To generate this message, Docker took the following steps:
 1. The Docker client contacted the Docker daemon.
 2. The Docker daemon pulled the "hello-world" image from the Docker Hub.
    (amd64)
 3. The Docker daemon created a new container from that image which runs the
    executable that produces the output you are currently reading.
 4. The Docker daemon streamed that output to the Docker client, which sent it
    to your terminal.

To try something more ambitious, you can run an Ubuntu container with:
 $ docker run -it ubuntu bash

Share images, automate workflows, and more with a free Docker ID:
 https://hub.docker.com/

For more examples and ideas, visit:
 https://docs.docker.com/get-started/

結論：ディストリ公式repoを常に信用してはいけない

それってどうなの？