EC-CUBE4.0.3 から EC-CUBE 4.0.4 へのアップデートのテストをした。
公式のドキュメントにコピーコマンドなどが載っていなかったのでテストをした際のコマンドのメモを残しておく。
作業ディレクトリなどは適宜書き換えて使ってね。

公式のドキュメントは以下
https://doc4.ec-cube.net/update

1. サイトのバックアップ

必ず事前にバックアップをお願いします。

2. メンテナンスモードを有効にする（バージョン4.0.1以降）

touch .maintenance

3. EC-CUBEのソースファイルをバージョンアップしたものに置き換え
4. 個別ファイル差し替え

cd eccube403to404manual/
rm -rf app/config/eccube app/DoctrineMigrations bin src html vendor
cd ..
wget http://downloads.ec-cube.net/src/eccube-4.0.4.zip
unzip eccube-4.0.4.zip
cd eccube-4.0.4

cp -rp app/config/eccube ../eccube403to404manual/app/config/
cp -rp app/DoctrineMigrations  ../eccube403to404manual2/app/
cp -rp bin ../eccube403to404manual/
cp -rp src ../eccube403to404manual/
cp -rp html ../eccube403to404manual/
cp -rp vendor ../eccube403to404manual/
cp -rp app/Customize/Resource ../eccube403to404manual/app/Customize/

cp -p composer.json composer.lock .htaccess ../eccube403to404manual/
cd ../eccube403to404manual/
bin/console cache:clear --no-warmup

5. composer.json/composer.lockの更新

bin/console eccube:composer:require-already-installed

6. スキーマ更新/マイグレーション

bin/console doctrine:schema:update --force --dump-sql
bin/console doctrine:migrations:migrate

9. メンテナンスモードを無効にする（バージョン4.0.1以降）

rm .maintenance