削除しようとしてたrunnerじゃないやつを間違えて消してしまった・・・
となって困っていたのですが、どうにか解決できました。

以下を実行すれば大丈夫です。

sudo ./svc.sh uninstall
rm .runner
./config.sh remove

肝は.runnerのファイルを消すことで、問題なくconfigのremoveができるようになること。
強制削除してしまっているのでtokenが分からず、正常に./config.sh removeに実行できずに困っていましたが、これで解決しました。

この後、再度登録処理を実行すればOKです