気が付いた時にはChoregrapheの終了・最小化・最大化のボタンが表示されなくなった。
Choregraphe再インストールやここQiitaに書いてある情報など色々試したけど解決せず。
先ほど、閃いたことをやってみたら解決したので、困っている人の助けになれば良いかと思い、投稿することにしました。

環境

MacBook Pro
ｍacOS High Sierra 10.13.6
Choregraphe 2.5.5.5
外部ディスプレイ（HDMI接続）

閃いてやってみたこと（解決策）

外部ディスプレイを接続。
Choregrapheを外部ディスプレイ側に移動。
メニューバーからChoregrapheを終了。
外部ディスプレイを外す。

ちょこっと検証してみた

どのようなときに現象が発生するのか、また同じ手順で解決するのか等を検証してみた。

現象再現手順
意外と単純でした。

Choregrapheを最大化
メニューバーから終了

解決策の繰り返し検証
2回だけ行いましたが、問題なく現象の解決が行えました。
（閃いた時の1回＋検証2回＝合計3回）

ダメだったこと
内蔵ディスプレイにデスクトップを追加して、同様の解決手順を行ってみたけどダメでした。