.ssh/configにgithubに接続する時の鍵を指定する

Host github.com
 User git
 port 22
 Hostname github.com
 # 鍵の指定
 IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
 # 接続状態を継続したい場合：yes　継続しない場合：no
 TCPKeepAlive yes
 # IdentityFileが必要な場合：yes　必要ない場合：no
 IdentitiesOnly yes

参考：https://qiita.com/0084ken/items/2e4e9ae44ec5e01328f1

github側で指定した鍵でのアクセスを許可する

https://github.com/settings/keys
ここで.ssh/configで指定した秘密鍵に対応する公開鍵を登録する。

これでgithubのレポジトリを操作できる。