多くの人が腕試しに試みてるので私も挑戦してみました。

	1x	2x	3x	4x	5x	6x	7x	8x	9x
1y	1	2	3	4	5	6	7	8	9
2y	2	4	6	8	10	12	14	16	18
3y	3	6	9	12	15	18	21	24	27
4y	4	8	12	16	20	24	28	32	36
5y	5	10	15	20	25	30	35	40	45
6y	6	12	18	24	30	36	42	48	54
7y	7	14	21	28	35	42	49	56	63
8y	8	16	24	32	40	48	56	64	72
9y	9	18	27	36	45	54	63	72	81

#各段の準備
Step1<-c(1:9)
Step2<-as.integer(Step1*2)
Step3<-as.integer(Step1*3)
Step4<-as.integer(Step1*4)
Step5<-as.integer(Step1*5)
Step6<-as.integer(Step1*6)
Step7<-as.integer(Step1*7)
Step8<-as.integer(Step1*8)
Step9<-as.integer(Step1*9)

#MT=Multiplication Table(九九の英訳)
MT<- data.frame(S1=Step1,S2=Step2,S3=Step3,S4=Step4,S5=Step5,S6=Step6,S7=Step7,S8=Step8,S9=Step9)

#段の名前設定
colnames(MT)<-c("1x","2x","3x","4x","5x","6x","7x","8x","9x")
rownames(MT)<-c("1y","2y","3y","4y","5y","6y","7y","8y","9y")

#HTML出力
library(xtable)
print(xtable(MT),type="html")

型変換が必要なのが盲点でした…まぁ、普段はあまり意識しませんからね。
ナウい言語は暗黙の整数拡張を行わないか?

ちなみに「九九を巡る数理」は案外深く、色々な展開が考えられたりします。
【Rで九九】どうして36個の数字しか使われないのか？