今回はしょうもないエラーで時間もかけたくせに、解決方法はいたって簡単でした。
エラーメッセージでググっても完全に同じエラーがなく、
理解するまでに時間がかかったので、書いておきます。

＃バージョンはR-3.3.1です

##エラー内容

data.frame(a=A, b=B, c=C, d=nrow(D),　　でエラー：引数がありませんし、省略時既定値もありません

なんのことだ。
ググると、大抵は引数"y"がありませんなど、何が足りないかを表示してくれる模様。
しかし、自分のところに表示はなく、スクリプトを眺めたり、試すこと数時間。
その時はあっさりやってきました。

##解決方法
スクリプトをよく見てみると、

result <- data.frame(a=A,
 b=B,
 c=C,
 d=nrow(D),
 .
 .
 .
 x=nrow(X),
)

最後の引数のところにカンマが。
これを消してみると、エラーを吐くことなく、うまくいきました。

result <- data.frame(a=A,
 b=B,
 c=C,
 d=nrow(D),
 .
 .
 .
 x=nrow(X)
)

これだけ。
たかがカンマ、されどカンマ。
私がカンマを入れてしまったがために、Rはわざわざ「へいへい、まだ引数を入れたいんじゃないのかい？」と聞いてくれていたんですね。
~~なかったことにしてくれいいんですけど。~~

以上、R嫌いを悪化させたR初心者のトラブルでした。