元ネタは
https://docs.microsoft.com/en-us/aspnet/aspnet/overview/owin-and-katana/owin-startup-class-detection
OwinでStartupクラスを作ってOWINを起動できるが、そのStartupクラスをWeb.config内で指定できるようだ。
例えばこんな風に
<appSettings>
<add key="owin:appStartup" value="StartupDemo.ProductionStartup" />
</appSettings>