ファイル名にドットを入れるなんて、と思っていたけど入っていた事例があり(なぜ入っていたかは謎)、そのファイルがCakePHPのバージョンを1.3から2系にあげるにあたり、プラグイン記法(http://book.cakephp.org/2.0/ja/appendices/glossary.html#term-2) にひっかかったため、変更をする.
対象ファイルはメールのテンプレートファイル.

$ ls
hoge.foo.bar.tpl

全ファイルの拡張子を除去

$ for f in `ls`; do mv $f ${f/\.tpl/}; done
$ ls
hoge.foo.bar

ファイル名のドットをアンダースコアに変換

$ for f in `ls`; do mv $f ${f/\./_}; done
$ ls
hoge_foo.bar

$ for f in `ls`; do mv $f ${f/\./_}; done
$ ls
hoge_foo_bar

拡張子.tplをつける

$ find . -type f -exec mv '{}' '{}.tpl' \;
$ ls
hoge_foo_bar.tpl

もっといい方法があるかもしれないが一番シンプルで分かりやすかった