Seuratを使った解析を、どこでもサッと試したい。ので、posit Cloudの環境にSeuratをインストールする際に行ったことを以下にメモして共有します。
1. SeuratObjectが依存するMatrixをバージョン指定でインストール
2024年11月19日の時点で、posit CloudのデフォルトのMatrixのバージョンが1.5-3です。一方、同日SeuratObjectが依存しているMatrixのバージョンは1.6-4です。
そこで、バージョンを指定してMatrixをインストールします。
今回、remotesを利用しますが、これもデフォルトではposit Cloudに準備されていないので、入れていきます。
remotesのインストール -> Matrix1.6-4のインストール
install.packages("remotes")
remotes::install_version(package = "Matrix", version = "1.6.4", dependencies = FALSE,repos = "http://cran.us.r-project.org")
インストールが終わったら、メニューのSessionから"Restart R"を選び、Rをリスタートします。
すると、Packagesリストの中に、先ほどインストールしたバージョンのMatrixが現れるので、こちらを選択しておきます。
2. SeuratObject & Seuratをインストール
次に、SeuratObjectをインストール、Seuratをインストールの順でインストールしていきます。
SeuratObjectのインストール -> Seuratのインストール
install.packages("SeuratObject")
install.packages("Seurat")
これで無事Seuratが使えるようになりました。
参考記事
Science and Engineering Cafe on the Net, R, Install a specific version of a package.