ここで紹介している問題はバグではなく、UICollisionBehaviorの仕様です。

https://developer.apple.com/library/prerelease/ios/documentation/UIKit/Reference/UICollisionBehavior_Class/index.html より

IMPORTANT

When setting the initial position for a dynamic item, you must ensure that its bounds do not intersect any collision boundaries. The animation behavior for such a misplaced item is undefined.

要するに考えずに重ねて初期配置すると変なことになるよ。
ということです。

再現コード

ViewController.m

@interface ViewController (){
    UIDynamicAnimator *animator;
    UICollisionBehavior *collisionBehavior;
    NSMutableArray*vs;
}
@end

@implementation ViewController

- (void)viewDidLoad {
    [super viewDidLoad];
    
    vs = [NSMutableArray array];
    animator = [[UIDynamicAnimator alloc] initWithReferenceView:self.view];
    collisionBehavior = [UICollisionBehavior new];
    collisionBehavior.translatesReferenceBoundsIntoBoundary  = true;
    [animator addBehavior:collisionBehavior];
    
    UITapGestureRecognizer*t = [[UITapGestureRecognizer alloc] initWithTarget:self action:@selector(tap)];
    [self.view addGestureRecognizer:t];
}

- (void)tap{
    UIView*v = [[UIView alloc] initWithFrame:CGRectMake(0, 0, 100, 100)];
    v.backgroundColor = [UIColor redColor];
    [self.view addSubview:v];
    [vs addObject:v];
    for (id o in collisionBehavior.items) {
        [collisionBehavior removeItem:o];
    }
    int index = 0;
    for (UIView*view in vs) {
        view.frame = CGRectMake(0,100*index, 100,100);
        [collisionBehavior addItem:view];
        if (view.bounds.size.height!=view.bounds.size.width) {
            view.backgroundColor = [UIColor blueColor];
            NSLog(@"size w=%f : h=%f",view.bounds.size.width,view.bounds.size.height);
        }
        index++;
    }
}

@end

タップするたびに100100の四角を画面左端に並べていくコードです。
ただし、translatesReferenceBoundsIntoBoundaryが設定してあるので画面をはみ出すと初期位置が画面右下のビューと被った状態でコリジョンビヘイビアに登録されます。
上記のコードでは縦横100100が崩れると青くなるように書かれています。

↓

↓

再現出来ました。

frameのsizeを弄っていないのにビューのサイズが変わってしまったのを確認出来たかと思います。

なかなかエグい仕様なので、ごちゃごちゃするUIを作る場合には注意です。