アルファチャネル付きの画像ファイルをPythonで読み取るには
cv2.imread(filename, cv2.IMREAD_UNCHANGED)
BGRAの画像をcv2.imwrite()で書くのは問題がない。
修正後：cv2.imread(filename, cv2.IMREAD_UNCHANGED)のように記載すれば、アルファチャネル付きの画像をきちんと読み込めました。
（間違った理解に対して、ご指摘を感謝します。）
BGRAの画像をファイルを読み込んだ時にBGR画像となってしまう場合がある。
私が使っている？？のバージョンでは、まだ解決していない。
PIL.Image.open(filename)
PIL.Imageの画像形式はnumpy.array()とは相互変換をする必要がある。
若干めんどうに感じます。
skimage.io.imread()
http://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.io.html
BGRAの画像をすんなり読むことができます。