例えば、下記のような外部moudleをtscコマンドでコンパイルします。
ts
export function externalFunc(){
alert('externalFunc')
}
tscコマンド
tsc -w hoge.ts
結果下記のようなエラーが発生しました。
error TS1148: Cannot compile modules unless the '--module' flag is provided.
コンパイル時に'--module'をオプションとして設定する必要があるようです。
tscコマンド
tsc --module amd -w hoge.ts
//もしくは下記とか
//tsc --module commonjs -w hoge.ts
上記でエラーが発生せずにコンパイルすることができました。