LetsencryptのSSL証明書が期限切れになっていることをATSをやっている時に気づいき、
適当に更新したらできたので共有
$ cd /path/to/letsencrypt/
$ ./letsencrypt-auto --renew-by-default certonly -a standalone --server https://acme-v01.api.letsencrypt.org/directory --agree-dev-preview -d example.com -d aaa.example.com
特にNginxの設定ファイルなどの変更することなくできたのでとても楽でした。
ただサーバが貧弱なのでとても時間がかかりました。