pythonのベンチマークツール『perfplot』『benchit』の使い方

pythonのベンチマークツール、perfplotとbenchitの使い方のざっくり解説です。
どちらのライブラリも、主に「pd.DataFrameおよびnp.ndarrayを整形する複数の関数の実行速度の比較」のために作られました。これらのツールを使うと、「横軸に整形する対象のpd.DataFrameおよびnp.ndarrayの長さ、縦軸に各関数の実行速度」をとった折れ線グラフを簡単に作ることができます。
もちろん、pd.DataFrameおよびnp.ndarray以外を受け取る関数に対しても使うことができます。

0. 例題

pandas小技: 複数の文字列のいずれかを含む (OR + 部分一致) 検索したい - け日記より。

例えば↓のテーブルから 東京都または千葉県 を含む値だけをフィルタする場合に、pandasではどう書くかです。

	name
0	東京都葛飾区
1	神奈川県川崎市
2	埼玉県蕨市
3	千葉県蘇我市

import pandas as pd

df = pd.DataFrame({'name': ['東京都葛飾区', '神奈川県川崎市', '埼玉県蕨市', '千葉県蘇我市']})

function(df)

	name
0	東京都葛飾区
3	千葉県蘇我市

となる関数を作る。

いろいろな方法が考えられる。

def by_contains(df):
    idx = df['name'].str.contains(r'東京都|千葉県')
    return df[idx]


def by_startswith(df):
    idx = df['name'].str.startswith('東京都') | df['name'].str.startswith('千葉県')
    return df[idx]


def by_str_startswith(df):
    idx = [s.startswith('東京都') or s.startswith('千葉県')
           for s in df['name'].tolist()]
    return df[idx]


def by_np_isin(df):
    idx = np.isin(df['name'].to_numpy('<U3'), ['東京都', '千葉県'])
    return df[idx]


def by_np_or(df):
    arr = df['name'].to_numpy('<U3')
    idx = (arr == '東京都') | (arr == '千葉県')
    return df[idx]

さてここで、これらの関数のどれが最も速いのか？

1. perfplotの使い方

GitHub - nschloe/perfplot: Performance plots for Python code

pip install perfplotでインストール。

時間計測方法

時間計測にはperfplot.bench()関数を用いる。測定結果としてPerfplotDataオブジェクトが返ってくる。

以下は必須パラメータ。

setup引数：「整数を１つ受け取って「計測したい関数に渡すインプットデータ」を作る関数」を渡す。データフレームの場合は、サンプルとして小さいdfを作った後に以下を渡す事が多い。

• lambda n: df.sample(n, replace=True, random_state=0).reset_index(drop=True)
• lambda n: pd.concat([df]*n, ignore_index=True, axis=0)

n_range引数：setup関数にわたすnの数のリストを渡す。10 ** np.arange(5)とかでOK。

kernels引数：計測したい関数のリストを渡す。

equality_check引数：True/Falseを返す関数を指定して、各関数が等しい結果を返しているかどうかを確認し、異なる結果を返している場合はエラーを出す。以下のどれかでOK。

• 関数の結果が等しいかどうかを比較しない場合：None
• pd.DataFrameを返す関数の結果が等しいかどうかを比較する場合：lambda df1, df2: df1.equals(df2)
• np.ndarrayを返す関数の結果が等しいかどうかを比較する場合：np.allclose（デフォルト）

以下はオプションのパラメータ。

labels引数：グラフに表示する関数名のリスト。kernelsに渡したリストと同じ長さであること。指定しない場合は関数名がそのまま使われる。

xlabel引数：横軸（n）のラベル名。

プロット出力方法

PerfplotData.show()メソッドで実行時間を比較した折れ線グラフを表示する。

また、PerfplotData.save()メソッドでプロットを画像として保存する。

実行例

import numpy as np
import perfplot

ppdata = perfplot.bench(
    setup=lambda n: df.sample(n, replace=True, random_state=0).reset_index(drop=True),
    n_range=10 ** np.arange(7),
    kernels=[
        by_contains,
        by_startswith,
        by_str_startswith,
        by_np_isin,
        by_np_or
    ],
    equality_check=lambda df1, df2: df1.equals(df2),
    xlabel='len(df)'
)

ppdata.save('perfplot.png', time_unit='s')

PerfplotData.save()メソッドのrelative_to引数に、kernels引数に渡したリストに対応する整数インデックスを与えると、縦軸が相対速度になる。

ppdata.save('perfplot2.png', time_unit='s', relative_to=2)

2. benchitの使い方

GitHub - droyed/benchit: Benchmarking tools for Python

pip install benchitでインストール。

時間計測方法

時間計測にはbenchit.timings()関数を用いる。測定結果としてBenchmarkObjオブジェクトが返ってくる。

以下は必須パラメータ。

funcs引数：計測したい関数のリストを渡す。perfplotのkernels引数と同じ。

inputs引数：計測したい関数に渡すインプットデータのリストを渡す。perfplotのsetupとn_range引数に該当する。

プロット出力方法

BenchmarkObj.plot()メソッドでmatplotlib.figure.Figureオブジェクトが返されるので、受け取ったFigureオブジェクトの.show()メソッドおよび.savefig()メソッドでプロットの出力・保存が可能。

実行例

import numpy as np
import benchit

funcs = [
    by_contains,
    by_startswith,
    by_str_startswith,
    by_np_isin,
    by_np_or
]
inputs = [df.sample(n, replace=True, random_state=0).reset_index(drop=True)
          for n in 10 ** np.arange(7)]

bmobj = benchit.timings(funcs, inputs)

bmobj.plot(figsize=(10, 6), logx=True).savefig('benchit.png')