あるライブラリAとライブラリBがありって、ライブラリAはarmeabi-v7aのネイティブライブラリしか含んでおらず、ライブラリBはarmeabi-v7aとarm64-v8aのネイティブライブラリを含んでいる場合、実行時にUnsatisfiedLinkExceptionでアプリが終了してしまいます。これはライブラリBのarmeabi-v7aのネイティブライブラリのみをAPKに含むようにすることで回避できます。
以下のようにモジュールレベルのbuild.gradleに記述することで解決しました。
apply plugin: 'com.android.application'
android {
...
defaultConfig {
...
ndk {
abiFilters "armeabi-v7a"
}
}
}