環境

リポジトリAとリポジトリBがある。
リポジトリBのsubmoduleにリポジトリCを設定している
（リポジトリAはmonorepo環境であり、lerna&yarnで管理）

・リポジトリA

・リポジトリB
   └── リポジトリC(submodule)

・リポジトリC
   └── hogehoge

何が起きたか

リポジトリAのpackage.jsonにリポジトリBを追加する
yarn installする
リポジトリBのリポジトリCディレクトリが空っぽになっている

リポジトリA
├── package.json
│    "devDependencies": {
│    "リポジトリB": "git+ssh:~",
│
└── node_modules/
    └── リポジトリB/
        └── リポジトリC(submodule)
             └── (Empty)

なんで？

どうやらyarnで追加したnode_modules内部のsubmoduleが正常にfetchできないみたい。
Submodules of git dependencies are not fetched · Issue #1488 · yarnpkg/yarn

対処１

git cloneで一時しのぎすればいいよ、というコメントがあったので強引感はあったものの試してみる。

While i hope this issue is getting some research invested into it, this placeholder workaround might serve as a temporary solution for all of us waiting

In package.json of a module being fetched, add a following script
"postinstall": "grep url .gitmodules | sed 's/.*= //' | while read url; do git clone $url; done"

今回の場合「リポジトリAからリポジトリBを実行する」ときはbin経由で呼ぶつもりだったので、その実行ファイルのshellスクリプトにgit cloneを書いてしまえばイケそう。

こういうこと

リポジトリA
├── package.json
│
└── node_modules/
    └── リポジトリB/
        └── リポジトリC(git clone)
             └── hogehoge

さらなる問題

対処１でうまくいったように見えたので、別でyarn addしてみたところ問題発生。
パーミッションエラーが発生してyarn addできない。
なぜだかgit cloneしたディレクトリが読み取り専用になっていてyarnから操作できなくなっている。

なんでやねん

リポジトリA
├── package.json
│
└── node_modules/
    └── リポジトリB/
        └── リポジトリC(git clone) <= permission dinide

対処２

git cloneはやめ、シンボリックリンクで対処することに決めた。
リポジトリAにリポジトリCのsubmoduleを設定し、
リポジトリB配下にリポジトリCのシンボリックリンクを貼る。

つまりこう

リポジトリA
├── リポジトリC(submodule)
│     └── hogehoge
│
└── node_modules/
    └── リポジトリB/
        └── リポジトリC(シンボリックリンク)
             └── (hogehoge)

シンボリックリンクをはる処理は、実行ファイル内に書いてしまえばOK。
（シンボリックリンク作る前に空のディレクトリは削除している）

実行ファイル.sh

# リポジトリAのsubmoduleにシンボリックリンクを貼る
# /リポジトリA/node_modules/リポジトリB/リポジトリC/ => /リポジトリA/packages/リポジトリC/

# cd リポジトリA
rm -fd node_modules/リポジトリB/リポジトリC
ln -nfs packages/リポジトリC  node_modules/リポジトリB/

(実行したい処理)

解決。