crontabは -r オプションをつけると内容が即削除されます。
そのため、crontabを直接開く・編集するというのはオペミスに繋がる可能性が高いです。
安全にcrontabを編集するには『crontabの内容をファイルに書き出し、そのファイルを編集する』という方法をとることをおすすめします。
（もっというと、サーバー上でファイルを編集すること自体が安全な方法ではないので、gitでcrontabの内容をバージョン管理するほうが確実ではあるのですが、今回はその話はしません。）
手順
### 現在のcrontabの設定をファイルに書き出し
$ crontab -l > crontab.org
$ crontab -l > crontab.edit
### ファイルの編集(実行時間などは既存のものとあまり重複しないようにする)
$ vi crontab.edit
### 現在のcrontabと編集したファイルのdiff確認
$ crontab -l | diff crontab.edit -
-> 自分が編集した部分だけdiffに出ればOK
### crontab登録
$ crontab crontab.edit
### crontab確認
$ crontab -l
-> 自分が登録(削除)した部分がちゃんとcrontabに反映されていることを確認
### ファイルの削除
$ rm crontab.org crontab.edit
参考
さいごに
crontabを安全に利用する方法についてブログでまとめました。ぜひご覧になってください↓
crontabを誤って削除しないための対策と削除してしまった時の対処方法まとめ
ツイッター(@nishina555)やってます。フォローしてもらえるとうれしいです！