Windows 版 PHP で PHPUnit の 3.7.2 以降で Failures/Errors/Incomplete/Skipped いずれかが1件以上あるときに実行が異様に遅くなる場合、realpath_cache_size の値を適当に大きくすると解決するかもしれません。
php.ini
realpath_cache_size = 1M
私の環境で eclipse MakeGood からテストケース1つだけで実行したときには 100KB 程度あれば大丈夫そうでしたが、妥当な値はプロジェクトの規模とか内容、さらに実行環境にインストールされている PHPUnit 関連パッケージの量などによっても変わります。
PHPUnit を実行する環境では大きめにとっておくといいかもしれません。