.metaファイルとは何か？

Unityの公式ドキュメントを読んでみると、以下の記述があります。

1 ユニーク ID の割り当て

テキストなどのアセットを Assets フォルダーに置くとき、Unity は最初に、新しいファイルが追加されたことを察知します 
(中略...)

まず、Unity は一意の ID をアセットに割り当てます。

2 .meta ファイルの作成

Unity が各アセットに割り当てる ID は、Unity がアセット ファイルと一緒に作成した .meta ファイル内に保管されます。この .meta ファイルは、関連するアセット ファイルと一緒にしておかなければなりません。

まとめ

まとめると

といった感じですね。
iOSだと、project.pbxprojで全て管理されますが、それが分散して管理されているイメージです。

Unity初心者なので、何か間違いがあれば指摘して頂ければと思いますm(_ _)m