TL,DRまたは概要

App ID PrefixをTeamIDと同一にしてくれるようにAppleの担当者に問い合わせして変えてもらってください。

そのおかげで救われる時間があります。
ここから問い合わせして１週間くらいです。
https://developer.apple.com/contact/topic/select

AppID prefixがTeamIDと同一でないプロジェクトって何？

Apple開発者登録が太古の昔に行われている会社、または開発者においてたまに発生します。

つまり「歴史あるプロジェクトや会社の仕事」をやってると起きることがあります。
(新しい開発者や組織では、このような変なmobileprovisionファイルを作ることはできない、はず…)

例えば手元にある YourCoolApp.mobileprovision というファイルに対してjsonで中身を出力してみます。

security cms -D -i YourCoolApp.mobileprovision > provision.json

<key>ApplicationIdentifierPrefix</key>のあたりにある10文字前後の文字列と、<key>TeamIdentifier</key> のあたりにある10文字前後の文字列が同一ならこの記事を読む必要はありません。やったー！

そうでない不幸な方は続きをどうぞ…

https://forums.developer.apple.com/forums/thread/745544
Appleの人いわく「その2個が別の文字列なのはおすすめしないから統合したら？」

どうやら最近のXcodeは暗黙のうちに2個の文字列が同一であるとみなした挙動になっているようです。

iOSアプリをFirebaseに追加する際にApp ID PrefixがTeam IDと一致していないと詰む
https://zenn.dev/colomney/scraps/a4fde5cbab13b8

(まあ、Firebase Dynamic Links自体がサービス終了予定なので気にしなくて良いかもです。しかしこういう妙なハマりポイントが残っているので他のサービスでも苦労する可能性があり、嫌です)