UnityのDestroyは即時反映されないので、DestroyImmediateを使う

GameObject を Destroy() して、ヒエラルキー上からは消えても、実はしっかり存在している。
GetComponents で要素検索するとふつうにカウントされて返ってくるので、知らないとはまる（はまった）。

ちなみに、対象に null を入れても、GetComponents で取得できてしまう。

Debug.Log (GetComponents<Transform>().Length); // 1
Destroy (targetObject);
targetObject = null;
Debug.Log (GetComponents<Transform>().Length); // 1

（GCに時間かかってる・・？）

で、そういうときは、 DestroyImmediate を使うと即時破棄される。
めでたしめでたしかと思ったが、DestroyImmediate は推奨されてないっぽい。

直ちにオブジェクトを破壊する。ですが、Destroy 関数の方を使うことを推奨します

うーん、 コルーチンで非同期処理にすればよい・・のか？
子要素の全削除なら、Detach してやるって方法もある。

foreach (Transform n in transform)
{
    Destroy(n.gameObject);
}
transform.DetachChildren ();