FlashBuilderで編集中のプロジェクトで埋め込みファイルの差し替えを行っていると
「○○（ファイルパス）は複数のファイルで定義されています」
という消えない警告メッセージに遭遇することが、度々あります。
ワークスペース側で重複（？）しているらしく、普通にプロジェクトをクリーンしてもまず消えません。
警告が出ていることによる実害は特にないみたいですが、困ったものです。
とりあえず、誤ってリソース重複の警告が表示されている場合は
「プロジェクト(P)→プロジェクトを閉じる(S)」で一旦プロジェクトを閉じ、
改めて「プロジェクトを開く(E)」で開きなおしてから「クリーン(N)」を実行すると消えます。
（少なくとも自分の環境では毎回この方法でちゃんと消えています）
謂われのない警告表示に困っている場合は一度試してみるといいかもしれません。