Docker上のMetabaseでPandasのDataFrameをお手軽に眺める

はじめに

「機械学習するときは、まずデータセットを眺めて概要を掴んでから」といわれます。

PandasのDataFrameを可視化する方法としてPandas Profilingがメジャーですが、もう少しグリグリできるとうれしいです。

OSSのBIツールでアレコレしたら良い感じなのでは?と思い、最近人気急上昇のMetabaseとPandasを組み合わせる方法を共有します。

↓irisデータを読み込ませて、自動探査(X-ray)してみました。

このMetabase、使いやすさと見た目のかっこよさはダントツなのですが、データソースはデータベースからの読み込みのみ(ブラウザ上で「手元のcsvデータをアップロードしてインポートする」ができない)な模様です。そこで、Docker上にMetabaseおよびデータベース(PostgreSQL)を立て、そのデータベースに対してDataframeの中身を書き込みます。

環境

macOS 10.15

やり方

ファイル類はgithubにアップロードしてあります。以下コマンドでローカルに落としてください。

$ git clone [e-mail]:nekodango/metabase-pandas.git

コンテナを立てる

Metabase・データベース(PostgreSQL)がまとめて立つようdocker-compose.ymlを書きます。

docker-compose.yml

version: "3"
services:
  metabase:
    container_name: metabase
    image: metabase/metabase:v0.33.3
    environment:
      MB_DB_FILE: /metabase-data/metabase.db
    volumes:
      - ./data/metabase_data:/metabase-data
    ports:
      - "3000:3000"
    depends_on:
      - postgres

  postgres:
    container_name: postgres
    image: postgres:11.5
    environment:
      POSTGRES_DB: metabase
      POSTGRES_USER: metabase
      POSTGRES_PASSWORD: metabase
    ports:
      - "5432:5432"
    volumes:
      - ./data/postgres_data:/var/lib/postgresql/data

で、ターミナルからこのdocker-compose.ymlと同じディレクトリを開いて以下を実行してください。

$ docker-compose up -d

Metabaseの初期設定

1. ブラウザで http://localhost:3000 を開くと、以下の画面が出ます。

1. 「Let's get started」をクリックすると、アカウント作成画面に進みます。

1. 必要事項を入れます。

項目名	例で入れる値	備考
①姓	neko
②名	dango
③メールアドレス	[e-mail]	実在しないメールアドレスでもいける
⑥会社名	#	空欄だと先に進めないので、何でもいいので入れる

1. 「Next」をクリックすると、
   

2. データベース設定画面になります。「PostgreSQL」を選んで、

1. 必要事項を入れます。

項目名	例で入れる値
①設定名	postgres
②データベースのホスト名	postgres
③ポート番号	5432
④データベース名	metabase
⑤ユーザ名	metabase
⑥パスワード	metabase

1. 「Next」をクリックすると

1. 「匿名データの提供に同意しますか?」と出るので、お好みでスイッチを切り替えてから「Next」をクリックすると

1. 「Take me to Metabase」をクリックすると完了です。

表示を日本語に変更する

画面表示が英語のままなので、日本語にします。




一度ログアウトします。

Python環境を作る

Pandas,SQLAlchemy,Psycopg2をAnaconda環境に作ります。

$ conda create -n metabase python=3.6 
$ conda activate metabase
$ conda install pandas sqlalchemy psycopg2

irisのcsvをデータベースに書き込む

to_postgres.py

import pandas as pd
import datetime
from sqlalchemy import create_engine


connection_config = {
    'user': 'metabase',
    'password': 'metabase',
    'host': 'localhost',
    'port': '5432',
    'database': 'metabase'
}

engine = create_engine('postgresql://{user}:{password}@{host}:{port}/{database}'.format(**connection_config))

df = pd.read_csv('data.csv')

df.to_sql('iris', con=engine, if_exists='replace', index=False)

「data.csv」を同じディレクトリに置いた状態でこの「to_postgres.py」を実行すると、csvを読み込んでデータベースに書き込みます。
ここではirisのcsvをダウンロードして、「to_postgres.py」を実行してみます。

$ curl https://raw.githubusercontent.com/pandas-dev/pandas/master/pandas/tests/data/iris.csv -o data.csv
$ python to_postgres.py

データベースを同期する

データベースと手動で同期すると、いま投入したirisテーブルが出てきます。

先ほど投入したデータが出ていることを確認する

動機が完了すると、先ほど作ったテーブルが表示されます。

自動探査(X-ray)できます。