Javaでファイルやディレクトリのタイムスタンプを変更したい場合Files.setLastModifiedTimeを利用すると便利です。たとえば指定のファイルのタイムスタンプを現在時刻にしたい場合は以下のようなコードになります。
FileTime now = FileTime.from(Instant.now());
Path file = Paths.get("/path/to/file");
Files.setLastModifiedTime(file, now);
Files.setLastModifiedTimeの第2引数には時刻を指定します。Javaで時間や日付というとDateやCalendarやLocalDateTimeあたりをよく利用しますが、ここではFileTimeというあまりなじみのないものを利用することに注意する必要があります。
環境情報
$ java -version
openjdk version "11.0.3" 2019-04-16
OpenJDK Runtime Environment AdoptOpenJDK (build 11.0.3+7)
OpenJDK 64-Bit Server VM AdoptOpenJDK (build 11.0.3+7, mixed mode)
$ javac -version
javac 11.0.3