固定のファイルを使う方法
set :bundle_gemfile, "/path/to/gemfile"
デプロイ対象の環境変数で指定した BUNDLE_GEMFILE を使う方法
set :default_shell, "bash -l" # .bash_profile で指定した場合は環境変数をロードさせる
set :bundle_gemfile, '$BUNDLE_GEMFILE'
bundle_gemfile を解釈しているソースコード
たぶんこのあたりと予想
https://github.com/bundler/bundler/blob/3a09448d8b060f2688dbc73bfa1eb08e1bd126f3/lib/bundler/cli.rb#L20-L21