StackOverflowでも取り上げられていますが、iPhone の Chrome だと 新しいウィンドウで https://maps.apple.com が開けないようです。
以下のようなタグで開くケースです。
<a href="https://maps.apple.com/maps?q=%E6%9D%B1%E4%BA%AC%E9%83%BD%E6%B8%8B%E8%B0%B7%E5%8C%BA%E6%B8%8B%E8%B0%B71%E4%B8%81%E7%9B%AE " target="_blank">東京都渋谷区渋谷1丁目 </a>
ためしにリンクのURLを直接新しいタブで開くと「このページは別のアプリケーションで開かれます。」というダイアログが表示されます。「開く」を選択するとMapsで開きます。
原因
一度新しいタブを開くような動きをした後に閉じる？ような動作をしていそうでした。
解決策
今のところ見つかっていません。
なおSafariでは、問題なく開くことができます。
target="_blank"で通常のウェブページを開くことは可能なので、「このページは別のアプリケーションで開かれます。」のタイプだとだめかも知れません。
にあるように
http://maps.apple.comでURLつくっておけば「iOSではMapsアプリが開けるし、Androidでもよしなにできるよ」という何ともアップル様状態なようです。
な感じかと思いますが、Chromeだと https://community.filemaker.com/jp/s/question/0D50H00006h97VxSAI/url-ios
にあるように
maps://maps.apple.com/?address=
じゃないと反応しないのかもしれません。。。