フォーラムで当たり判定が複数設定したいという人がいたので、ちょっと調べてみました。
他にもっと良いやり方がありそうですが、1番シンプルな方法を書きます。

開発環境

・Live2D_SDK_Unity_2.1.00_1_jpのSampleApp1プロジェクト
・Unity5.3.0f4

当たり判定を複数設定するやり方

１）まずはModeler上で当たり判定を複数作ります
プログラム上、シンプルな四角形を当たり判定としているため四角形します。
ポリゴン単位で当たり判定をつける方法はまたそのうち書きます。

Live2D Manual - 当たり判定があるモデルにある通り「D_REF」という文字列が当たり判定とされます。

２）model.jsonの当たり判定を増やします
hit_areasは当たり判定部分です。
tap_bodyやflick_headはタップした時に再生するモーションです。

haru.model.json

"hit_areas":
[
    {"name":"head0", "id":"D_REF.HEAD0"},
    {"name":"head1", "id":"D_REF.HEAD1"},
    {"name":"body0", "id":"D_REF.BODY0"},
    {"name":"body1", "id":"D_REF.BODY1"}
],
"motions":
{
    "tap_body0":
    [
        { "file":"motions/tapBody_00.mtn" , "sound":"sounds/tapBody_00.mp3","fade_out":0}
    ],
    "tap_body1":
    [
        { "file":"motions/tapBody_01.mtn" , "sound":"sounds/tapBody_01.mp3","fade_out":0},
        { "file":"motions/tapBody_02.mtn" , "sound":"sounds/tapBody_02.mp3","fade_out":0}
    ],
    "flick_head0":
    [
        { "file":"motions/flickHead_00.mtn", "sound":"sounds/flickHead_00.mp3" ,"fade_out":0}
    ] ,
    "flick_head1":
    [
        { "file":"motions/pinchIn_00.mtn", "fade_out":0}
    ] ,

Live2D Viewerで当たり判定表示をするとこんな感じになります

３）定義部分のソース修正する
tap_bodyやflick_head、HIT_AREAを増やします

LAppDefine.csの37行目あたり

// 外部定義ファイル(json)と合わせる
public const string MOTION_GROUP_IDLE           ="idle";        // アイドリング
//  public const string MOTION_GROUP_TAP_BODY       ="tap_body";    // 体をタップしたとき
public const string MOTION_GROUP_TAP_BODY0      ="tap_body0";    // 上半身をタップしたとき
public const string MOTION_GROUP_TAP_BODY1      ="tap_body1";    // 下半身をタップしたとき
//  public const string MOTION_GROUP_FLICK_HEAD     ="flick_head";  // 頭を撫でた時
public const string MOTION_GROUP_FLICK_HEAD0    ="flick_head0";  // 髪を撫でた時
public const string MOTION_GROUP_FLICK_HEAD1    ="flick_head1";  // 顔を撫でた時
public const string MOTION_GROUP_PINCH_IN       ="pinch_in";    // 拡大した時
public const string MOTION_GROUP_PINCH_OUT      ="pinch_out";   // 縮小した時
public const string MOTION_GROUP_SHAKE          ="shake";       // シェイク

// 外部定義ファイル(json)と合わせる
//  public const string HIT_AREA_HEAD               ="head";
public const string HIT_AREA_HEAD0               ="head0";
public const string HIT_AREA_HEAD1               ="head1";
//    public const string HIT_AREA_BODY             ="body";
public const string HIT_AREA_BODY0               ="body0";
public const string HIT_AREA_BODY1               ="body1";

４）当たり判定部分のソース修正する

LAppModel.csの508行目あたり

public void FlickEvent(float x, float y)
{
    if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("flick x:" + x + " y:" + y);

//        if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_HEAD, x, y))
    if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_HEAD0, x, y))
    {
        if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("Flick face");
        StartRandomMotion(LAppDefine.MOTION_GROUP_FLICK_HEAD0, LAppDefine.PRIORITY_NORMAL);
    }
    if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_HEAD1, x, y))
    {
        if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("Flick face");
        StartRandomMotion(LAppDefine.MOTION_GROUP_FLICK_HEAD1, LAppDefine.PRIORITY_NORMAL);
    }
}

LAppModel.csの532行目あたり

public bool TapEvent(float x, float y)
{
    if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("tapEvent view x:" + x + " y:" + y);

//        if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_HEAD, x, y))
    if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_HEAD0, x, y))
    {
        // 顔をタップしたら表情切り替え
        if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("Tapped face");
//            SetRandomExpression();
        SetExpression("f03"); 
    }
    else if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_HEAD1, x, y))
    {
        // 顔をタップしたら表情切り替え
        if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("Tapped face");
//            SetRandomExpression();
        SetExpression("f04"); 
    }
    else if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_BODY0, x, y))
    {
        if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("Tapped body");
        StartRandomMotion(LAppDefine.MOTION_GROUP_TAP_BODY0, LAppDefine.PRIORITY_NORMAL);
    }
    else if (HitTest(LAppDefine.HIT_AREA_BODY1, x, y))
    {
        if (LAppDefine.DEBUG_LOG) Debug.Log("Tapped body");
        StartRandomMotion(LAppDefine.MOTION_GROUP_TAP_BODY1, LAppDefine.PRIORITY_NORMAL);
    }
    return true;
}

５）これで複数当たり判定モードが完成です！

おまけ

ちなみにWebGL版の場合は、修正するソースクラス名が少し違ってたりします。
(LAppModel.cs　→　LAppLive2DManager.js)

jsの場合はこちらを参考に　→　Live2D Community - add event listeners to parts

Live2Dで当たり判定を複数設定する

開発環境

当たり判定を複数設定するやり方

おまけ