cloud9の詳しい説明や基本的な操作方法などはこちらを参照すると良いと思います。
https://www.sejuku.net/blog/385#Cloud9Let8217s_HelloWorld
Cloud9とGit連携方法についてはこちらを参照すると良いと思います。(下記手順を行う前に連携しておくと話がスムーズになります)
https://rails-study.net/github/
https://qiita.com/NaokiIshimura/items/b318ebc2daa4ec07a31e
本題
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Cloud9を起動する。
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エディタ画面を開く
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画面右上の設定マーク(歯車マーク)を押下する(設定画面が開く)
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設定項目の「EXPERIMENTAL」を選択
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大項目PanelsのChanges PanelをONにする。
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Changesパネルを開くとgit管理がGUIで行える画面が表示される。
ファイルに変更を加えるとMODFILED FILESに該当ファイルが表示され、クリックすると、元のそのブランチで編集した内容が表示される。
MODFILED FILESのファイルをドラッグして、ステージングに入れることもできる。
コミットメッセージを入れてコミットすることもできる。
GUIを使用してpushするのはうまくできなかったが、それはコマンドラインから、git push origin リモートリポジトリ名を入力するなどして行っている。
GUIでできない部分も多いのでそこは上記のようにコマンドラインから行うようにしております。
ほかのIDEで出来てたGithubの差分管理がCloud9上で出来るのはとても便利だ。