JavaScriptかjqueryで簡単に切り替えることができます

Twitterのダークモードの入れ方

<script defer async src="//platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script>
<a class="twitter-timeline" data-theme="dark" href="https://twitter.com/hogehoge">@hogehoge</a>

data-theme が dark であればダークモードになります。

jqueryで切り替える

<script defer async src="//platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script>
<div id="twitter"></div>
<script>
	var isdark=1,
		darkstr="";

	if(isdark == 1) {
		darkstr=' data-theme="dark"';
	}

	$('#twitter').html('<a class="twitter-timeline"' + darkstr + ' href="https://twitter.com/twitter">@hogehoge</a>');
</script>

参考までに

うちの場合は iframe 以下のHTMLで切り替えていますが、こちらのが安定するようです。

また、現時点でFacebookは埋め込みのダークモードは未対応です