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Mac (SierraだけどEl Capitanとかでも同じ。High Sierraでも同じなはず) でたてる。いちおうXcodeとcommand line toolがはいっていることが前提。
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ダウンロードして展開する
primer3: https://sourceforge.net/projects/primer3
primer3web: https://sourceforge.net/projects/primer3/files/primer3-web/ -
180621の時点でprimer3が2.4.0でprimer3webが4.1.0
tar zxvf primer3-2.4.0.tar.gz
tar zxvf primer3web-4.1.0.tar.gz
primer3
- primer3のツールをコンパイルする
cd primer3-2.4.0/src
sudo make
- warningでたけど
make testして全部OKなら大丈夫
make test
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primer3-2.4.0/src/ディレクトリ内にあるprimer3_coreをCGIにつかう
apache と CGI
- apache使えるようにしておく
sudo apachectl start
# もし自動起動にしておくなら以下
# sudo launchctl load -w /System/Library/LaunchDaemons/org.apache.httpd.plist
- perl に
CGI.pmがあるか確認（ないならcpanなどでinstall）
perl -MCGI -e 'print $CGI::VERSION'
# もしないなら、sudo perl -MCPAN -e shell または sudo cpan
# cpan> install CGI
- CGIが動くディレクトリ（ここでは
~/Sites）を用意する
mkdir ~/Sites
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/etc/apache2/httpd.confとかを書き換える（たとえば以下）
LoadModule cgi_module modules/mod_cgi.so #コメントアウトする
<Directory "/Users/{user_name}/Sites/"> #{user_name}は自分のアカウント名にする
AllowOverride All
Options ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
</Directory>
primer3web
- CGIが動くディレクトリ（ここでは
~/Sites）にprimer3webを置く（~/Sites/primer3web-4.1.0/）
mv primer3web-4.1.0 ~/Sites/primer3web-4.1.0
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~/Sites/primer3web-4.1.0/htmlディレクトリのなかに、~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-binディレクトリをまるごと移動する （~/Sitesにprimer3web-4.1.0/html/cgi-binにする）
mv ~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-bin ~/Sites/primer3web-4.1.0/html/cgi-bin
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~/Sites/primer3web-4.1.0/html/cgi-binディレクトリのなかのprimer3web_results.cgiを実行可能にしておく。
chmod 755 primer3web_results.cgi
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~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-binディレクトリのなかに 読み書き可能なcacheディレクトリをつくっておく （~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-bin/cache）
mkdir ~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-bin/cache
chmod 777 ~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-bin/cache
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~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-binディレクトリのなかにprimer3_coreをコピーしておく（~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-bin/primer3_core） -
もうこれでうごくはず。以下から動作確認。
http://localhost/{user_directory}/primer3web-4.1.0/html/primer3web_input.htm
- 必要なら、primer3_coreをコンパイルした
primer3-2.4.0/ディレクトリ内にある、kmer_listsディレクトリを~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-binディレクトリのなかにコピーしておく（~/Sites/primer3web-4.1.0/cgi-bin/kmer_lists/*.list）
misc.
本当はhtmをchmod 644とか、ほかのディレクトリやCGIスクリプトもchmod 755とか、cgiのshebang(#!)をシステムのperlのpath（which perlで調べる）に書き換えるとか、安全対策でprimer3_coreとCGIスクリプトはweb上から見えないディレクトリに移すとか、index.htmlを準備（ln -sするなり作るなり）するとか、いろいろ必要あるとおもうけど、ローカルマシンでならこのままで（なぜか）動く。
そもそもコンパイラのインストールとかネットワークの準備とか、ほんとはそこが敷居がたかいのかな。。。