TL; DR
macで静的ライブラリのリンクエラーが発生するときは静的ライブラリの生成に使われている ar / ranlib がbinutilsのものになっていないか注意したほうが良いという話。
事象
mac環境へXGBoostをインストールしようと pip3.7 install xgboost を実行したところエラーが発生してインストールに失敗する事象に遭遇しました。
環境
| 環境 | バージョン |
|---|---|
| macOS | 10.14.1 |
| Python | 3.7.1 |
| pip | 18.1 |
| XGboost | 0.81 |
エラーメッセージ
エラーメッセージを眺めてみるとどうも静的ライブラリのリンクに失敗しているようです。
$ pip3.7 install --user -U xgboost
...
ld: warning: ignoring file rabit/lib/librabit.a, file was built for archive which is not the architecture being linked (x86_64): rabit/lib/librabit.a
Undefined symbols for architecture x86_64:
"_RabitLinkTag", referenced from:
__GLOBAL__sub_I_c_api.cc in c_api.o
"rabit::engine::Allreduce_(void*, unsigned long, unsigned long, void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&), rabit::engine::mpi::DataType, rabit::engine::mpi::OpType, void (*)(void*), void*)", referenced from:
xgboost::LearnerImpl::LazyInitModel() in learner.o
...
調査
手動でビルドして確認
XGBoost-0.81のtarballをダウンロードして手元で順々にビルドをして調査を行いましたがリンクしようとしている静的ライブラリはちゃんと生成されていてなぜエラーが発生するのか謎は深まるばかりでした。
$ cd xgboost-0.81/xgboost/rabit
$ make && ls rabit/lib
README.md librabit.a librabit.so librabit_base.a librabit_mock.a librabit_mock.so
$ file rabit/lib/librabit.a
rabit/lib/librabit.a: current ar archive
ググってみたら
途方にくれながらググってみたら同じような事象に遭遇している方のブログを発見しました。
記事の通り ar コマンドを確認してみると自分の環境も確かにbinutilsの ar と ranlib が使用されているようでした。
$ which ar
/usr/local/bin/ar
$ ar V
GNU ar (GNU Binutils) 2.31.1
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This program is free software; you may redistribute it under the terms of
the GNU General Public License version 3 or (at your option) any later version.
This program has absolutely no warranty.
$ which ranlib
/usr/local/bin/ranlib
$ ranlib -v
GNU ranlib (GNU Binutils) 2.31.1
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This program is free software; you may redistribute it under the terms of
the GNU General Public License version 3 or (at your option) any later version.
This program has absolutely no warranty.
そして解決
そこで発見したブログ記事と同じように /usr/bin にインストールされている ar と ranlib を使うようにしてみたところ問題解決。
無事にXGBoostをインストールすることができるようになったのでした。
$ which ar; which ranlib
/usr/bin/ar
/usr/bin/ranlib
$ pip3.7 install --user -U xgboost
Collecting xgboost
Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/4f/4c/4969b10939c4557ae46e5569d07c0c7ce772b3d6b9c1401a6ed07059fdee/xgboost-0.81.tar.gz (636kB)
100% |████████████████████████████████| 645kB 4.4MB/s
Requirement already satisfied, skipping upgrade: numpy in ./Library/Python/3.7/lib/python/site-packages (from xgboost) (1.15.2)
Requirement already satisfied, skipping upgrade: scipy in ./Library/Python/3.7/lib/python/site-packages (from xgboost) (1.1.0)
Installing collected packages: xgboost
Running setup.py install for xgboost ... done
Successfully installed xgboost-0.81
まさかbinutilsが原因になっているとは思いもよりませんでした。
やっぱりmacをLinuxと同じように使うのは辛いのだな……。