numpyで第一要素でSortし，同一値の場合は第二要素でSortする方法

np.lexsort によってargsortができるようです．
ただし，一番最初にSortをするKeyが引数の最後に来ることに注意が必要です．

import numpy as np


a = np.array([ 
    [2, 1, 2, 3, 1, 4, 3],
    [4, 1, 3, 2, 3, 3, 5],
]).T

order = np.lexsort((a[:, 1], a[:, 0]))

>>> a[order]
array([[1, 1],
       [1, 3],
       [2, 3],
       [2, 4],
       [3, 2],
       [3, 5],
       [4, 3]])