こちらの記事のようにOpenCV3からformatがMATLABに対応したらしいのですが,FMT_MATLABを指定するとMATLABでは読めない形式で吐きます.
そのうち修正されるでしょうが,次のように書くととりあえずMATLABで読める形式で出力できます.
cv::Mat matrix = cv::Mat::eye(3, 3, CV_64F);
std::ofstream ofs("save.m");
ofs << "matrix = " << cv::format(matrix, cv::Formatter::FMT_DEFAULT) << ";" << std::endl << std::endl;