出来ればUTF-8統一が良いですが、案件ごとに事情が異なるため調査しました。
コミット前のステージングの画面での文字化けを防ぐ場合
SourceTreeのアプリケーションを落としてから開始してください。
.gitattributesファイルをプロジェクト直下に配置します。
文字コードを適用したい拡張子とdiff=の後に文字コードを設定して保存します。
*.txt diff=sjis
git bash から下記の設定を入力します。
git config --global diff.sjis.textconv "iconv -f sjis -t utf-8"
iconvという標準の変換機能を使ってSHIFT-JISファイルを変換します。
※cp932の場合は下記も入力してください。
git config --global diff.cp932.textconv "iconv -f cp932 -t utf-8"
補足
※上記コマンド実行でユーザ配下のgitconfigに設定が記述されます。
[diff "sjis"]
textconv = iconv -f sjis -t utf-8
[diff "cp932"]
textconv = iconv -f cp932 -t utf-8
補足2
SourceTree上でファイルをステージしたときには文字化けしなくなるのですが
ステージする前の状態だと化けてしまう可能性があります。
コミットするときは変更を追加しますし、十分差分を見るのには使えるので、困らないとは思います。
コミット後の履歴画面での文字化けを防ぐ場合
プロジェクト直下の.gitattributesに下記を追記します。
別の設定と合わせて追記する場合は半角スペースを空けて末尾に追加してください。
*.txt text working-tree-encoding=sjis diff=sjis
既にShiftJIS のファイルをコミット済みの場合は、.gitattributes を編集した後の場合は
下記のコマンドで一括でSHIFT-JISを修正できます。
git add --renormalize .
補足
working-tree-encodingは実際のコミットしたファイルのエンコードは変わらず
内部的に設定されたエンコードで変換して表示する設定です。