~/.ssh/configを記述することで、複数の接続先に対する鍵を管理することができます。
~/.ssh/config
Host server1.example.com
HostName server1.example.com
IdentityFile ~/.ssh/server1/id_rsa
User server1_user
Host server2.example.com
HostName server2.example.com
IdentityFile ~/.ssh/server2/id_rsa
User server2_user
Host: 設定項目の識別子。ホスト名である必要はないが、ホスト名にすると重複しにくい。
HostName: 接続先のホスト名。
Identifile: 使用する秘密鍵。
User: 接続先ホストのユーザ名。