http://qiita.com/items/48219e6b80bafbd50fa5
は情報が古かったようなので訂正。

Smarty3系では下記を参考にすると良さそうだ。
http://www.smarty.net/docs/ja/advanced.features.tpl#id3148392

抜粋すると、下記のクラスを使わないやり方が取り回しがしやすそうなので活用。

require 'Smarty.class.php';
$smarty = new Smarty();
$my_security_policy = new Smarty_Security($smarty);
// すべての PHP 関数を無効にします
$my_security_policy->php_functions = null;
// PHP タグを除去します
$my_security_policy->php_handling = Smarty::PHP_REMOVE;
// すべての修飾子を使えるようにします
$my_security_policy->$modifiers = array();
// セキュリティを有効にします
$smarty->enableSecurity($my_security_policy);