どうやら内部でキャッシュしているようなので、自分の場合にはこんな感じでキャッシュを消してperformFetchする事で解消した。
-(BOOL)reload:(NSError**) error {
[NSFetchedResultsController deleteCacheWithName:CACHE_NAME];
return [self.fetchedResultsController performFetch:error];
}
参考
http://stackoverflow.com/questions/3399012/nsfetchedresultscontroller-refresh-refetch