メールをファイルとして保存(~/Downloads/message.eml)してから、下記のコマンドで復号します。
gpg -d --ignore-mdc-error Downloads/message.eml
メールの文字コードがISO-2022-JPの場合は、続けて文字コード変換します。
gpg -d --ignore-mdc-error Downloads/message.eml | iconv -f ISO2022JP -t UTF-8
文字コードが分からない場合は、メールのソースの下記の箇所を確認します。
Content-Type: text/plain; charset=Shift_JIS
メールの文字コードがShift_JISであれば、次のように変換します。
gpg -d --ignore-mdc-error Downloads/message.eml | iconv -f SJIS -t UTF-8