問題
シンタックスハイライトのために
\usepackage{minted}
と書いただけで図の配置が崩れてしまう！なんでやねん！
原因
dvipdfmではなくdvipdfmxを使わないと図がズレるのは有名な話だと思いますが，おそらくそれに関する問題です．TeX素人なので推測ですが，mintedが内部でdvipdfmを使っており，dvipdfmxをかき消してしまうのが原因だと思われます．この直感をもとに
\usepackage{minted}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
の順番で書くようにすると見事に解決しました．2時間ぐらい費やしたので同じ被害者が出ないためにも書き残しておきます…