ユニークな外部キーを作りたいとき,uniqueの第1引数とforeignの第2引数に同じキー名を指定するとインデックスを無駄に2つ作らずに済みます。標準の命名規則はテーブル名_属性名_uniqueまたはテーブル名_属性名_foreignとなっているので,これにちなんでテーブル名_属性名_unique_foreignとか付けると良さそう。
<?php
use Illuminate\Support\Facades\Schema;
use Illuminate\Database\Schema\Blueprint;
use Illuminate\Database\Migrations\Migration;
class CreateEntitiesTable extends Migration
{
    /**
     * Run the migrations.
     *
     * @return void
     */
    public function up()
    {
        Schema::create('entities', function (Blueprint $table) {
            $table->increments('id');
            $table->integer('user_id')->unsigned()->unique('entities_user_id_unique_foreign');
            $table->foreign('user_id', 'entities_user_id_unique_foreign')->references('id')->on('users');
        });
    }
    /**
     * Reverse the migrations.
     *
     * @return void
     */
    public function down()
    {
        Schema::dropIfExists('entities');
    }
}