上記警告がプロジェクトを開いた直後に表示された場合
cd /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/bin/
mkdir bak.svn
mv svn* bak.svn
ln -s /usr/local/Cellar/subversion/1.7.8/bin/svn* /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/bin/
を実行して再起動すると警告がでなくなります。
/usr/local/Cellar/subversion/1.7.8/ の部分はSubversionのインストール場所やバージョンによって異なります。
2回ほどこれに出くわして2回とも今のところ問題は発生していないです。自分の環境ではXcode5.1.1で出たので上記方法で対応。
自己責任で。