a問題
git pushしたフォルダに矢印がついていてgithub上でフォルダの中身が見れない。
b原因
.gitが入っているため矢印が出ていた。
c解決
.gitを削除した。そのうえでgit add git commit git pushをしたら矢印が消えた。
d問題の発生理由と解決の理由
なぜ問題が発生したのかというと.gitが含まれるフォルダを別のフォルダ(つまり別のリポジトリ=git initを実行したフォルダ)にコピーしたからです。
ということはレポジトリはgithub上(加えてgit上も？)で区別されて別のリポジトリから今使っているリポジトリにコピーすることはできないと考えていいはずです。コピーしたいリポジトリはフォルダ（リポジトリ）にある.gitを削除してリポジトリではなく単なるフォルダにすればいい。