PythonでFASTA形式ファイルの配列行折返しを削除する

やりたいこと

配列行に折返しを含む下記のようなFASTA形式ファイルを

multi-line.fasta

>AAA98665.1 TCP1-beta
SSIYNGISTSGLDLNNGTIADMRQLGIVESYKLKRAVVSSASEAAEVLLRVDNIIRARP
RTANRQHM
>AAA98666.1 Axl2p
MTQLQISLLLTATISLLHLVVATPYEAYPIGKQYPPVARVNESFTFQISNDTYKSSVDK
TAQITYNCFDLPSWLSFDSSSRTFSGEPSSDLLSDANTTLYFNVILEGTDSADSTSLNN
TYQFVVTNRPSISLSSDFNLLALLKNYGYTNGKNALKLDPNEVFNVTFDRSMFTNEESI
VSYYGRSQLYNAPLPNWLFFDSGELKFTGTAPVINSAIAPETSYSFVIIATDIEGFSAV
EVEFELVIGAHQLTTSIQNSLIINVTDTGNVSYDLPLNYVYLDDDPISSDKLGSINLLD
APDWVALDNATISGSVPDELLGKNSNPANFSVSIYDTYGDVIYFNFEVVSTTDLFAISS
LPNINATRGEWFSYYFLPSQFTDYVNTNVSLEFTNSSQDHDWVKFQSSNLTLAGEVPKN
FDKLSLGLKANQGSQSQELYFNIIGMDSKITHSNHSANATSTRSSHHSTSTSSYTSSTY
TAKISSTSAAATSSAPAALPAANKTSSHNKKAVAIACGVAIPLGVILVALICFLIFWRR
RRENPDDENLPHAISGPDLNNPANKPNQENATPLNNPFDDDASSYDDTSIARRLAALNT
LKLDNHSATESDISSVDEKRDSLSGMNTYNDQFQSQSKEELLAKPPVQPPESPFFDPQN
RSSSVYMDSEPAVNKSWRYTGNLSPVSDIVRDSYGSQKTVDTEKLFDLEAPEKEKRTSR
DVTMSSLDPWNSNISPSPVRKSVTPSPYNVTKHRNRHLQNIQDSQSGKNGITPTTMSTS
SSDDFVPVKDGENFCWVHSMEPDRRPSKKRLVDFSNKSNVNVGQVKDIHGRIPEML
>AAA98667.1 Rev7p
MNRWVEKWLRVYLKCYINLILFYRNVYPPQSFDYTTYQSFNLPQFVPINRHPALIDYIE
ELILDVLSKLTHVYRFSICIINKKNDLCIEKYVLDFSELQHVDKDDQIITETEVFDEFR
SSLNSLIMHLEKLPKVNDDTITFEAVINAIELELGHKLDRNRRVDSLEEKAEIERDSNW
VKCQEDENLPDNNGFQPPKIKLTSLVGSDVGPLIIHQFSEKLISGDDKILNGVYSQYEE
GESIFGSLF

このように単一行に整形したいだけ

single-line.fasta

>AAA98665.1 TCP1-beta
SSIYNGISTSGLDLNNGTIADMRQLGIVESYKLKRAVVSSASEAAEVLLRVDNIIRARPRTANRQHM
>AAA98666.1 Axl2p
MTQLQISLLLTATISLLHLVVATPYEAYPIGKQYPPVARVNESFTFQISNDTYKSSVDKTAQITYNCFDLPSWLSFDSSSRTFSGEPSSDLLSDANTTLYFNVILEGTDSADSTSLNNTYQFVVTNRPSISLSSDFNLLALLKNYGYTNGKNALKLDPNEVFNVTFDRSMFTNEESIVSYYGRSQLYNAPLPNWLFFDSGELKFTGTAPVINSAIAPETSYSFVIIATDIEGFSAVEVEFELVIGAHQLTTSIQNSLIINVTDTGNVSYDLPLNYVYLDDDPISSDKLGSINLLDAPDWVALDNATISGSVPDELLGKNSNPANFSVSIYDTYGDVIYFNFEVVSTTDLFAISSLPNINATRGEWFSYYFLPSQFTDYVNTNVSLEFTNSSQDHDWVKFQSSNLTLAGEVPKNFDKLSLGLKANQGSQSQELYFNIIGMDSKITHSNHSANATSTRSSHHSTSTSSYTSSTYTAKISSTSAAATSSAPAALPAANKTSSHNKKAVAIACGVAIPLGVILVALICFLIFWRRRRENPDDENLPHAISGPDLNNPANKPNQENATPLNNPFDDDASSYDDTSIARRLAALNTLKLDNHSATESDISSVDEKRDSLSGMNTYNDQFQSQSKEELLAKPPVQPPESPFFDPQNRSSSVYMDSEPAVNKSWRYTGNLSPVSDIVRDSYGSQKTVDTEKLFDLEAPEKEKRTSRDVTMSSLDPWNSNISPSPVRKSVTPSPYNVTKHRNRHLQNIQDSQSGKNGITPTTMSTSSSDDFVPVKDGENFCWVHSMEPDRRPSKKRLVDFSNKSNVNVGQVKDIHGRIPEML
>AAA98667.1 Rev7p
MNRWVEKWLRVYLKCYINLILFYRNVYPPQSFDYTTYQSFNLPQFVPINRHPALIDYIEELILDVLSKLTHVYRFSICIINKKNDLCIEKYVLDFSELQHVDKDDQIITETEVFDEFRSSLNSLIMHLEKLPKVNDDTITFEAVINAIELELGHKLDRNRRVDSLEEKAEIERDSNWVKCQEDENLPDNNGFQPPKIKLTSLVGSDVGPLIIHQFSEKLISGDDKILNGVYSQYEEGESIFGSLF

実行コード

Biopythonを利用してさくっと整形できる (pip install biopython)。
FASTA形式ファイルをSeqIO.parse()で読み込み後、SeqIO.write()でフォーマット指定をfasta-2lineとして出力するだけ。簡単。

multi2single_line.py

from Bio import SeqIO

multi_line_fasta_infile = "multi-line.fasta"
multi_line_seq = SeqIO.parse(multi_line_fasta_infile, format="fasta")

single_line_fasta_outfile = "single-line.fasta"
SeqIO.write(multi_line_seq, single_line_fasta_outfile, format="fasta-2line")