ドメイン名:sub.domain.com
DocumentRoot:/var/www/sub.domain.com/index.html
ドメイン名:stage.domain.com
DocumentRoot:/var/www/stage.domain.com/index.html
80ポートを443ポートにリダイレクトしている設定が既にある場合は解除しておく
certbot-autoではうまくいかなかったのでcertbot
# certbot --apache -w /var/www/sub.domain.com -d sub.domain.com -w /var/www/stage.domain.com -d stage.domain.com